O Programa Empresa Júnior foi criado em 1993 para apoiar a criação e o desenvolvimento de empresas juniores - EJs da Universidade de Brasília. O objetivo do Programa é estimular o crescimento e a capacitação de estudantes da graduação na prática do empreendedorismo. A primeira empresa júnior da UnB foi a AD&M, do curso de Administração, criada em 1992.

O Programa visa manter as empresas juniores da UnB com um alto padrão de qualidade, de modo a proporcionar aos estudantes dos mais diversos cursos, experiência prático-profissional e formação complementar. Divulgação, assessoria, apoio aos encontros do Movimento Empresa Júnior, promoção do aprendizado e apoio à capacitação dos membros são algumas ações oferecidas às EJs da UnB por meio do CDT.

Desde 2007, as disciplinas Empresa Júnior 1 e Empresa Júnior 2 são ofertadas aos alunos da graduação que trabalham em EJs conveniadas com a UnB por intermédio do CDT. Com isso, eles ganham créditos e aprendem como melhorar sua própria EJ e desenvolvem competências empreendedoras.